良心本身不是道德原则，它是在处理具体情况时，在特殊场合和问题面前根据某种道德原则所做的选择和行动。这种道德原则往往来自一个人的信仰，尤其是道德信仰。虽然美国宪法中没有保护个人良心的条文，但还是有学者将宪法修正案第一条中的保护宗教信仰自由，解释为实际上包含了保护个人的良心自由。
决定良心实质内容的，是运用什么道德原则(承认哪种道德权威)、如何运用道德原则(运用者是否具有“审慎”这种实践性美德)。在这两方面，理性的作用都特别重要，宗教信仰却能给予特别的便利。宗教信仰中，基本的道德原则及其权威来源都是清楚的，而宗教传统文献和共同经验则有许多良心行为引人向善的先例。
说到良心的道德原则时，人们往往会想到神和神对人的道德诫命，那神的诫命和人的良心之间，到底是什么关系呢?在索福克勒斯的悲剧《安提戈涅》中，安提戈涅想方设法要安葬她的哥哥波吕尼克斯，但国王不允许，因为波吕尼克斯是在叛国的战斗中死去的。安提戈涅对国王说，有一种比国家法律更高的法，她要服从的是更高法律，它不仅要求人不做恶事，而且要求人做善事。安提戈涅坚信，神要求她善待并安葬兄弟的遗体，违反国法做这件事是她正当的良心行为。
希腊的神从来没有向凡人宣喻过神法，尽管安提戈涅说到具有神圣权威的更高法，但那不可能是基督徒从《圣经》里读到的戒律。她心目中的神法是每个正常人都能用良心感知的原则，即后来自然法哲学家们常说的那种“刻印在人心上的律法”。
与希腊人不同，犹太教徒和基督教徒有文字的启示，摩西在西奈山上宣喻上帝的诫命，《圣经》里有文字记载的十诫。因此，人们常常以为，犹太人和基督教徒有不同于自然法的道德传统，他们有了神法所以根本不需要自然法。但是，天主教哲学教授布德西斯泽乌斯基在《良心的报复》一书中指出，犹太教和基督教并不排斥自然法，而且，“在犹太教徒和基督教徒那里，写在人心上的律法要比在异教信徒那里更牢固、更坚实得多。”
基督教因此有对“一般启示”和“特别启示”的区分：前者是对全人类而言的，即伦理学所说“不可能不知道”;后者则是对教徒信众而言，由见证过神迹的人传播于世，是写在《圣经》里的。前者让人知道凡是人都可能有罪过，后者让人知道罪过的性质和靠什么力量从中得到救赎。这两者的关系，可理解为自然法与神法关系的另一种表述。
中世纪伟大的神学家阿奎那对自然法有精辟解释，他说，“就正确性和知识而言”，人类道德法的核心原则都是相同的，即对全人类来说，这些伦理原则不仅是正确的，而且都为他们所知晓(“是人就不可能不知道”)，而基督教则坚信上帝是伦理的最后根源。阿奎那认为良心不是人的行为的最后规范，良心必须对应神法或自然法来断定，但人在行使伦理判断时，服从的是自己的良心, 因此人需对自己的行为负责，不能把责任推给他所运用的道德原则。
具有一般启示意义的道德原则，它们所关乎之事如阿奎那所言，都是“每一个人天生的理性能自动并立即判断的，什么可以做，什么不可以做”。当然，在任何一个社会里，并非所有的道德原则，都是人类核心道德原则的一部分，但所有称得上是真正道德原则的，都在不同程度上可以回溯到核心原则。有的是可以推导出来的，如杀人是错的，因此以任何政治理由草菅人命都是错的。有的则要求审慎对待道德罪过，如有罪过就应受惩罚，但合理的惩罚必须考虑到发生罪过的具体情况，有钱有势的官员盗窃国家财富与一个贫穷的母亲为饥饿的子女偷窃一块面包并不是同等性质的罪过。
当今世界，更高法已经不需要是神法，也不需要是自然法或传统法，而是具有普世意义的人权。政治学家尼克尔在《理解人权》一书中指出，尽管当代的人权观是二战后才形成的，但它运用的是人类从古代就早已熟悉的自由和正义观念。人权成为当今国际间最通用的权利和价值概念，“自然法或神法将一切人类结合为一体，而且要求善待一切人类。这一理念在像洛克和杰斐逊这样的理论家的著作中，在法国的人权和公民权利宣言及美国的(宪法)权利修正案中，都是与自然法的观念紧密结合在一起的”。
今天，人们讲述良心行为的故事，说的已不再是安提戈涅，而是缅甸的昂山素季，同样是女性，同样挑战她们所在国家的“王法”，同样在真实的危险考验下表现出非凡的道德勇气，并且有一般人无法做出的良心行为。然而，她们的良心行为诉诸于不同权威的道德原则，一个是神，一个是人类自己共同订立的人权原则。
良心不是只属于少数人的稀罕之物，而是能帮助每一个人成为“真正的人”的必须，正如昂山素季所说，没有良心的人只不过是“吃米饭的机器人”。她告诉我们，“人民越来越渴望，要有一个制度能将他们由‘吃米饭的机器人’的地位提高为真正的人──在人权的保障下，能够自由思考，畅所欲言，昂首挺胸。” 自由思考，畅所欲言，昂首挺胸，那不正是人们所向往、敬佩的良心行为吗?
